除此之外，明宪宗还特意派使臣马璇代表自己到于谦墓前祭奠。祭文由翰林院代撰，内中道：“卿以俊伟之器，经济之才，历事先朝，茂着劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞。惟公道而自恃，为权jian之所害。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。復卿子官，遣人谕祭。呜呼，哀其死而表其生，一顺乎天理，厄于前而伸于后，允惬乎人心。”
这篇以皇帝名义撰写的祭文打动了许多人，民间争相传诵。
另外一件比较得人心的事，是明宪宗罢免了锦衣卫长官门达。天顺时，明英宗重用门达，朝野为之侧目。明英宗病危之际，门达为了保住自己的高官厚禄，暗中结纳太子身边的宦官王纶。王纶利慾熏心，暗中结纳外臣，与翰林侍读学士钱溥密谋，打算等到太子即位后，让钱溥入阁，代替大学士李贤辅政。结果这件事被人揭发出来，明宪宗大怒，斩杀王纶，贬谪钱溥到广东顺德，门达贬谪贵州。但门达因为以前干的坏事不少，现在他倒了霉，旧帐就都被翻了出来。言官上奏弹劾门达，于是门达被交付都察院会同九卿廷讯。右都御史李宾等人弹劾门达罪状：“忤其意者，过求细故，必加陷害。屡兴大狱，巧于锻练。别置狱舍，以鞠罪囚”，“又纵令子弟为jian利事，交通外人，多纳贿赂”。明宪宗命将门达处斩。门达后来遇赦，被发配广西南丹卫充军。其党羽多被谪戍或降调。
而在夺门之变中获罪或者遭石亨等人构陷贬谪的官员，在明宪宗一朝都得到了復职。比如原御史杨瑄、张鹏等因劾奏曹吉祥、石亨而被诬得罪，免官谪戍。宪宗恢復杨瑄、张鹏等原官，又任杨瑄为浙江按察副使，张鹏为福建按察使。
明宪宗即位后不久，命没收大宦官曹吉祥之地为宫中庄田。这就是明朝皇庄的来历。给事中齐庄上疏劝阻：“天子以四海为家，何必与小民争利！”明宪宗不理。从此，勋戚、中贵之家，多夺民地为庄田。
明宪宗即位之初任用李贤为相，阁臣之中还有彭时、商辂，可谓是人才济济，朝政也曾比较清明，但只是昙花一现，因为明宪宗钟爱的万贵妃开始涉政。万贵妃即为前面所提到的万贞儿。明宪宗即位后，心中唯恋着万贞儿一人。此时万贞儿已经三十五岁。明宪宗不忘万贞儿对自己的爱护和体贴，也不因她比自己年长十七岁、颜色渐衰而嫌弃。照他心思，想册立万贞儿为皇后。但万贞儿年龄比皇帝大十七岁，又是微贱的宫女，想坐上皇后宝座，几乎是做梦。迫于礼制，明宪宗只能纳万贞儿为才人，属于等级较低的嫔妃。成化二年（1466年），万贞儿生皇长子，进为贵妃。此后宫中诸事，亦多由万贞儿操持。更为少有的是，明宪宗在位二十三年，始终如一地专宠万贵妃，成为历史上罕见的奇事。
万贞儿丰艷有肌，肥美似唐代着名美人杨贵妃。每每明宪宗出游，万贞儿必戎服佩剑，侍立左右，颇有英气。明宪宗顾之辄为色飞，越看越爱。后人曾经引用史籍云：“妺喜冠男子之冠，桀亡天下。”说是桀的宠妃喜喜欢穿男子的衣服，所以桀才灭亡。而万贞儿好穿男子服装，也为成化朝带来了灾难。但明宪宗之所以痴恋万贞儿一生，最重要的是在他被废太子位后最艰难的时候，万贞儿一直在他身边，给了他许多心灵上的安慰。
明宪宗初即帝位时，两宫太后为替新皇帝选择皇后人选颇费了一番心思。她们在明英宗生前亲自替儿子选定的十二名淑女中，再行认真挑选，选了王、吴、柏三人留住宫中，慢慢考察。后实在难分高下，明宪宗生母周太后便命司礼监牛玉在三名淑媛中选定一人为皇后。牛玉道：“先帝在时曾属意吴女和王女，我看二女姿貌相当，分不出谁更美丽端庄，比较起来，似是吴女更为贤淑。”
周太后便做主替朱见深择定吴氏为皇后。因为不是自己的亲生儿子，钱太后当然没有什么意见。
谁知大婚之后，皇帝新郎并不贪恋吴皇后的青春美色，而是常常宿在万贞儿宫中，这使吴皇后又气又羞。而万贞儿仗着明宪宗的宠幸，根本不把吴皇后放在眼里。她每次谒见吴皇后时，总是板着脸，甚至故意拿架子，这使吴皇后非常生气，起先碍着明宪宗的面子还隐忍着，到后来实在忍耐不住，有一次惹得吴皇后性起，命宫人将万贞儿拖倒在地，亲自取过杖来打了她几下。
万贞儿找到明宪宗，哭闹不休。明宪宗大怒，要去找皇后评理。万贞儿是个有心机之人，又故意拦住明宪宗不让去闹，说道：“妾已年长色衰，不及皇后玉女天成，还请陛下命妾出宫，以免皇后生气，妾也省得受那杖刑了！”
明宪宗大怒，立即去见两宫太后，说吴皇后举动轻佻，不守礼法，不堪居六宫之首，定要废去。钱太后不便说什么。周太后劝阻道：“册后才一月便要废去，岂不惹人笑话？”
明宪宗坚持要废，周太后溺爱儿子，只得由着他。于是，一道废后诏书下达，命吴氏退居别宫，还将主张选吴氏为后的司礼监牛玉罚往孝陵种菜。在平定曹吉祥叛变中立有首功的孙镗因为是牛玉的姻亲，也被免职赋閒。
万贞儿尚觊觎皇后之位，要皇帝丈夫替她去向太后说情。但周太后嫌万贞儿年纪太大，且出身微贱，始终不肯应允。
过了两个月，周太后下旨，命明宪宗册立王氏为皇后。王皇后生性软弱怕事，知道皇帝宠幸万贞儿，自己更不是万贞儿的对