米利根的律师麦克唐纳小有名气，因为业务关係，十几年前与当时做律师的林肯有一面之交。在无奈之中，麦克唐纳跑到华盛顿，愣是在一个大清早设法见到了林肯总统，而林肯居然还记得他。寒暄之后，麦克唐纳便单刀直入，切入正题，说明来意，请求林肯刀下留人。林肯儘管支持哈维将军军法处的判决，但暗示麦克唐纳他已于一年前（1863年12月）宣布大赦，如果战争能够在对米利根的绞刑未执行前结束的话，米利根可据此减刑。
不久，1865年4月4日林肯遇刺身亡，由副总统詹森继任。出于对叛乱和阴谋分子的愤怒，詹森在5月2日批准对米利根的死刑决定，军方据此把米利根的刑期定在5月19日。这意味着除非内战能在此之前结束，否则米利根的小命难保。当刑期临近、律师一筹莫展之际，一个联邦巡迴法院5月份正好在印第安那开庭，麦克唐纳遂在10日请求巡迴法院给米利根以人身保护令状，向军法处要求提审米利根。两位法官讨论数日也拿不定主意，只好移交给最高法院。军方原以为案子已经了结，没想到又要闹到最高法院，于是同意暂时推迟米利根的刑期。5月26日内战正式结束，比米利根原定的刑期晚了正好一周。这样，米利根至少可以免于一死。
在听候最高法院的裁定期间，詹森总统对米利根作出无期徒刑的减刑决定，米利根也转送到联邦地方法院服刑。
三、战争结束 米利根平反昭雪虽然米利根已免于一死，但麦克唐纳仍不满足，因为他现在的目标是使米利根无罪释放。为准备1866年3月最高法院对米利根案的开庭，他召集了另外两位律师：一位是年轻的律师、未来的美国总统詹姆斯。加菲尔德（James Garfield），他初出茅庐，第一次上最高法院打官司，劲头十足；另一位是着名老律师布莱克（Jeremiah Black）。三人卯足了劲，决心把这一涉及宪法基本权利的案子反过来。他们的辩护战略不是争论米利根是否有罪，而把重点放在程序上：军方是否有权在非作战地区停止人身保护权、逮捕平民并加以军法审判。
在1866年3月6日的法院辩论中，布莱克首先上场，他发自内心的声音令听众肃然起敬。他指出，即使米利根是个十恶不赦的罪犯，他的人身自由仍是神圣不可侵犯的，拥有一个公民应有的公平审判的宪法权利。军方决不能独立于甚至高于民政当局，他们逮捕平民时应依法将被捕的平民名单交给普通法院，以便由法院组织大陪审团进行公开和公平的审判，而军方对米利根案的处理显然违反了这一规定，没有对米利根进行公平的审讯。
代表政府方面出庭的是司法部长及其助手，他们一再强调战时的特殊性。对此，加菲尔德反驳说，军方在逮捕米利根时，不但印第安那州不是战场，就连邻近的各州也没有武装的敌人。再退一步讲，南方的叛乱在5月19日基本停止，而军方仍根据林肯战时颁布的戒严令（1862年9月24日）决定在19日执行绞刑，缺少法律根据。律师们还进一步举出英美法治史上的例证，说明林肯停止人身保护权的做法缺少法理基础。相对于辩方律师的雄辩，政府方面的说辞就显得软弱无力了，他们只能强调军方的行为乃是根据林肯总统1862年9月的戒严令。
三个星期后，最高法院作出了判决。儘管当时的9个大法官中有五位是林肯任命的，但是他们却和其他四位法官一致投票判定：军方对米利根没有司法管辖权，米利根及其同伙必须释放。
大劫之后的米利根不仅昂首挺胸地走出了监狱，而且乘机反咬一口，控告军事法庭加害于他，要求过失赔偿。米利根再次胜诉，获得了具有象征意义的5美元赔偿。
从本质上讲，米利根案和梅里曼案大同小异，其结果的截然相反主要是因为时机不同。在内战初期，联邦军队一败再败，军心大乱，必然会倾向以军法严惩判乱分子。而米利根案判决时内战已结束，此时此刻，在涉及军方对平民的司法管辖权问题上，大法官们很自然会倾向于和平年代的法治和秩序。
值得注意的是，虽然大法官们一致作出决定，但是对这一决定的法理基础却存在尖锐的分歧，以致有关判决书直到12月7日才公布。
由戴维斯（Davis）法官起草的判决书再次强调了宪法的神圣性：“美国宪法是统治者和民众的法律，不论平时还是战时，……乃至在一切情况下，都是一样有效的”，因此，在普通法院存在的情况下，对平民的军法审判违反了宪法所规定的由大陪审团定罪和公开审判的原则。儘管审判米利根的军事法庭是由行政当局合法建立的，但是总统或国会并没有授权它在普通法庭仍正常工作情况下审判平民。他们的立场很明确，不论是总统还是国会，在任何情况下都无权中止人身保护权。
虽然蔡斯和其他三位法官同意总统无权中止人身保护权，但他们却认为在特定的情况下国会有权这样作，也没有违反宪法。在附加意见中蔡斯指出，《1863年的人身保护权法》（the Habeas Corpus Act of 1863）旨在保证平民在普通法庭受审，但是，根据战时权力，国会能够通过为进行战争所需的立法。如果国会认为普通法庭不能够惩罚叛国罪，它可以授权