大约就在这时，从两个极为重要的方面掀起了一股正在增涨的反抗浪潮。首先是天主教会和基督教会向赛斯－英夸特递交了一份联合抗议书，并于１９４３年２月２１日在荷兰所有教堂的讲坛上宣读。抗议书用最强烈的愤怒词句提到破坏正义，破坏基督教原则，迫害犹太５０４人，把荷兰工人押送到德国去，在荷兰强迫服劳役，以及杀害人质等。第二份抗议书是荷兰医务界在１９４３年６月发出的。它用同样强烈的词句使人注意到压迫对身心的影响，荷兰居民的营养不良情况和由此而造成的肺结核的蔓延，以及把荷兰粮食输往定量较高的德国这种不公平的情况。它还提到强迫荷兰人製造武器去打与盟军并肩对德作战的同胞的这种心理上的折磨。但是，德国人那种迅速恶化的战局使他们简直不可能倾听人道主义的呼吁了；相反，这种形势却促使他们采取甚至更加残忍的行动。在他们强迫沿海地区的居民疏散以后，看来甚至还有采取更为强烈的防卫措施的迹象。１９４４ 年元旦，米塞发表了一篇演说，他在演说中对盟军入侵可能带来的恐怖事情渲染得极其可怕，他特别指出，鑑于荷兰大部分土地都低于海平面，入侵可能导致淹没新开闢的低地（抽干了水的沼泽地）。于是这个题目便被德国控制下的荷兰报纸大肆发挥，企图威胁荷兰人民变得俯首帖耳，使他们吓得不敢反抗，不敢与盟军合作。后来，这种情况又有所缓和，着重在荷兰作为抵抗欧洲“布尔什维克化”的堡垒这一“足以自豪”的任务和淹没低地作为防卫武器的价值６０５了。的确，当这种宣传在１９４４年春出现时，德国人实际上正在某些地区放水——儘管德国人试图缩小这件事，并且对它作出最好的解释，但是，不久便被地下报纸传开了，使人们直接预先知道了情况。
但是，总的说来，德国人在涉及自己的利益和安全的地方就不愿意直言不讳了。１９４４年５月１３日，赛斯－英夸特发布了一道新的命令，规定如形势需要（即盟军登陆），立即实行戒严，并规定对荷兰人进行最严格的管制，以免他们在任何方面妨碍德国人。实际上，所有的荷兰人都得执行德国人的命令，违者处死。７ 月间，盟军在诺曼第登陆后不久，同荷兰人共同负责的伪装，由于撤销了米塞的“咨询内阁”而告结束。荷兰人在德军占领的余下时间里都遭到了赤裸裸的德国军事专制的统治。然而，当荷兰人看到盟军在１９４４年夏未以雷霆万钧之势横扫欧洲时，他们自然想到解放的时刻就在眼前了。正是在这样的期待中，并在希望加速这一结局的到来时，荷兰流亡政府与盟军最高统帅部和国内抵抗运动取得了一致意见，于１９４４年９月１７日命令铁路举行总罢工。这个命令立刻得到普遍的执行。在四十八小时内，荷兰各地的火车，除了几列由德国人自己驾驶的以外，全部停开。德国人用恐怖手段或答应给双薪和双份配给品的办法都没有能破坏罢工。但是，这时盟军的攻势在阿纳姆遭到严重的挫折。德国人对自己在荷兰仍控制着的地区加紧压制，罢工开始受到报復，不仅对罢工的工人；而且对全体居民。德国人认为荷兰人这时已经丧失了一切应得照顾的权利，于是开始有计划的、无情的破坏和洗劫荷兰国家５０６财产。在荷兰，被严寒加剧了的一个可怕的冬天开始了。盟军频频轰炸，粮食、燃料和电力都极端缺乏。荷兰最大的一些城市所在的西海岸地区的粮食储存根据德国民政当局的命令，于１９４４年夏季已经减少到只够两三星期之用。为了报復铁路罢工，禁止从较远的东部农业区运送粮食到大城市，禁运直到１１月８日才解除，可是到了那时，严寒季节业已开始，再也无法储存粮食了。除了德国人的报復措施外，罢工也使得供应品无法运往城市，因此煤和粮食的储备不久便告枯竭。此外，三万名铁路工人在罢工——连家属在内，总共有十万人——全都得隐蔽起来，都得吃饭。到１１月，德国人开始在街上和屋子里围捕荷兰人，把他们押送到德国去。由于遭受这些苦难的结果，１９４５年１ 月和２月在总人口超过二百万的六个城市中，死亡率几乎比１９４４年同期加倍。根据报纸上的报导，仅鹿特丹一地，饿死的平均每天就有四百人。
德国人沿着荷兰南半部宽阔的河口构筑了他们的防线。在１９４５这新的一年年初，他们仍然占据着荷兰的大部分地区，人口约有六百万。盟军占领的地区濒临饥饿的状态，而在德国人占领的地区则是彻底的闹饥荒。但是，荷兰人的精神还是没有垮下来，反抗德国人的活动并没有停止。３ 月初，有人企图谋杀德国警察头子和公安委员会常务专员劳特尔，又引起了特别野蛮的报復。为了这一罪责，３月７日，约有四百人被处死，其中许多人是在斯开文宁根的海滨沙丘上被枪决的。直到４月初盟军才开始从德国进入荷兰，１９４５年５月６日，才解放了５０７荷兰全境。到了这时，荷兰人民肉体的痛苦才算结束了。在大战的最后阶段，德国人对这个国家进一步给以沉重的打击。在鹿特丹港和阿姆斯特丹港，他们进行了毫无战略意义的破坏，似乎纯粹是出于报復的心情。他们还破坏了海堤，使海水进一步淹没了大片肥沃土地。威廉明娜女王自从到了英国以后，在整个大战期间面临敌人