希特勒在１０月１２日颁布的“关于波兰占领区的行政管理”的法令任命汉斯?弗朗克为总督，赛斯一英夸特为他的副手。行政机构的总部设在克拉科夫，弗朗克从罗兹迁到那里，在１１月初正式就职。他通过１０月２６日的一道法令，已经把总督辖区分为四个行政区，分别以克拉科夫、卢布林、腊多姆和华沙为中心，这些行政区进一步又分成市区和郊区。在大战的第一个冬季和１９４０年春季与初夏这段时期里，纳粹分子似乎仍然不能确定，是把总督辖区作为一个单独的实体维持下去为德国的利益充分使用其资源和人力呢，还是把它完全纳入大德国体系，对他们最为有利。强迫波兰人和犹太人从合併区移入总督辖区一事，似乎表明有保留总督辖区波兰特征的意图。克拉科夫大学的教授们在接近１９３９年底时，全体被驱逐出境并拘留在德国，可是到１９４０年２月又获准重返家园，这也是有其意义的。几星期后，据说波兰医师也获准在华沙和其他城市里负责医疗工作。另一方面，从文官政体成立之５５６初，就有迹象表明有一种德意志化的意图——例如，据报导波兰一些纪念碑的拆毁，以及德国学校的开办，其规模似乎远远超过总督辖区日耳曼族人和德国官员们的需要。
总督辖区的确切的地位始终没有十分清楚地规定过，但是到 １９４０ 年年中，关于在该区实施德意志化政策的任何怀疑全都消除了，虽然朝着既定方向的进展并不如预期的那么迅速。残酷镇压和恐怖政策的种种措施，甚至还有标誌着德国对总督辖区统治的后期的大屠杀，都是由弗朗克执行的。他后来交给逮捕他的美国人员大约四十二册日记，其中仔细地记下了他在波兰的所作所为，而这些日记在纽伦堡审讯时恰恰成了控告他的最有力的证据。弗朗克在波兰犯下的“灭绝种族”的罪行，希姆莱也有份，因为根据 １９３９ 年１０月７日的一项秘密法令，希姆莱奉派全面负责德意志化政策，包括清除“外国人口中对德国以及对日耳曼族人社会可能构成威胁的那些集团的有害影响”。
说明对总督辖区的政策的那些指示是由弗朗克和希姆莱予以解释和执行的，其中有政治、社会、文化与宗教、经济、生物、物质和精神等方面。在政治方面，总督辖区被当作德国的一个殖民地，并应由各“劣等”民族予以承认。在社会方面，第一个目标是清除犹太人和波兰知识分子。在文化方面，波兰的所有高等学府都将予以撤销，只容许波兰人接受初等教育和职业教育，而且这种教育还得在德国人的监督下用德语来进行。他们还采用了各种措施去破坏教会的影响。在经济方面，遵循的政策就是戈林的指示中所规定的代表德国在损害当地居民的情况下进行掠夺。在生物方面，“悄悄”采取的措施在于消灭犹太人和降低波兰人的出生率。在物质方面，从属的居民忍饥挨饿，还受到残暴的迫害。在精神方面，非日耳５５１曼族人的种种最卑劣的本能都受到了鼓励。德国人曾充分利用１９３９年入侵后的脱节和混乱现象，采取措施迫害波兰的知识分子。希姆莱后来吹嘘说，当时德国警察“就得有那股蛮劲……去枪毙几千名波兰的头面人物”。除此以外，如同我们看到的那样，在１９３９年下半年，有大批波兰知识分子，主要是从克拉科夫地区，被押送到各拘留营去。可是，儘管德国的政策很严厉，它们并没有防止地下组织很早便在两次大战问的整个波兰领土上广泛地建立起来。这在１９４０年初使德国领袖们大为烦恼。他们感到如此忧虑，以致１９４０年５月在德军进犯低地国家和法国的时候，他们遵照希特勒想在东方保持和平的愿望，下令对波兰地下运动采取“特别绥靖行动”，或称“Ａ．Ｂ．行动”。因此，６月１５日，地下组织有几千名成员遭到逮捕，并且根据弗朗克的命令于１０月间被提交战地军事法庭审判，其后差不多有一半人被处决了。
德国当局在占领波兰后，立即开始招募身强力壮的波兰人，特别是农业工人，到德国去工作。到１９４０年年中，各合併区身强力壮的工人的供应很快就变得枯竭了，而志愿办法在总督辖区只取得了部分成功。弗朗克于是在１９４０年夏季下令，采用强制手段进行招工。１９４１年和１９４２年间，他不断表示自己对于为此目的所采用的拦街 ５５８ 兜捕这类办法的有效性所感到的得意。象他在１９４２年８月向绍克尔保证的那样，他在１９４２年１２月能够汇报说，总督辖区已经为德国提供了九十四万余名工人。
早在１９４１年９月，弗朗克就已经知道，总督辖区居民的生活已经下降到接近饥饿的水平。可是，过了将近一年，在柏林举行的一次会议以后，由于戈林在会上把德国粮食情况的严重性告诉了他，他使总督辖区在原来已经过分的需要量之外，又承担了为德国提供五十万吨做麵包用的谷物。１９４２年８月，他指示下属说，这笔贡献必须个部“在牺牲外族〔非日耳曼族〕居民的情况下”作出，还进一步指示他们说，“这项工作必须冷酷无情、毫无同情心地完成。”
正象后来显示出来的那样，为了德国的经济利益，从波兰人的生产劳动中榨取最大的好处这一迫切需要，是德意志化的全部计划之所以在总督辖区暂缓进行的主要原因。可是，