到德国对俄国发动进攻一个月后，即到１９４１年７月１８日，英国才正式承认贝奈斯总统为一国的首脑。苏联也在同一天正式予以承认。８月１０日，据宣布，遵照７月１８日的苏捷协定，一个捷克斯洛伐克旅正在俄国境内组织起来，以便同在英国建立的或正在组成的捷克斯洛伐５９３克武装部队保持平衡。可以肯定的是，捷克斯洛伐克国内有相当大一部分居民这时正冒着死刑的威胁在收听俄国的无线电广播，特别是收听英国广播公司的广播一总之，听众人数相当多，足以使捷克公众消息十分灵通。海德里希的行为激起了新的沸腾的义愤；破坏活动非但没有停止，反而有增加的迹象，尤其是 １９４２年春季在克拉德诺煤矿里。如同欧洲其他地方那样，共产党人的组织相当严密，他们的秘密报刊也相当顺利地发挥着作用。
５月２７日早晨，正当海德里希驾车穿过利贝尼（布拉格）郊区到办公室去时，投来的一颗炸弹使他受了致命伤，他在６月４日毙命。这是欧洲抵抗希特勒运动的大事之一。一个显要的纳粹头子，而且是一个受到特别保护的党卫队头子被杀死，这还是第一次。的确，海德里希可以被看作是党卫队的智囊，他的丧生在希特勒看来，是不可弥补的。后来盖世太保关于这一事件的报告似乎或多或少是真实的，即这次突然袭击是伦敦的捷克人策划的，并由皇家空军空投下的英国境内捷克斯洛伐克军队中的两名伞兵——一个捷克人和一个斯洛伐克人——执行的。他们的任务完成以后，圣哈尔列斯?博罗麦奥教堂的东正教教士便把他们隐藏起来，并供给他们膳食。德国人于６月１８田以乎就在那个教堂里搜捕到了他们，把他们同几个掩护者一起就地杀害了。
在保护国内，袭击海德里希的直接结果是一阵更加可怕的恐怖浪潮。当天，卡?赫?弗朗克就重新宣布了紧急状态，达吕格从柏林赶来接替海德里希。在５月２８日和７月３日之间，有一千二百八十八名捷克人多少是不分青红皂白地被处死了；那个倒楣的埃利亚斯也是一个牺牲者，他于６月１９日被处决。有时，整个家庭的成员没有多大原因就全被枪毙，有两个村庄的全部男子都被非常残忍地消灭干净。６月１０日，这种情况发生在克拉德诺附近的一个采矿村利迪策，而十天以后又发生在布拉格另一面赫鲁迪姆附近的一个叫列日阿基的小地方；每一次妇女都被送往集中营去，而儿童则就此无影无踪了。
就在利迪策和列日阿基遭殃的消息传出后不久，英 ５９４ 国政府在 １９４２年８月５日终于觉得可以将正式废除慕尼黑协定的通知递交给贝奈斯和扬?马萨里克了。６月间，莫洛托夫访问伦敦时，正式对贝奈斯说（６月９日），“苏联政府……的立场是维持慕尼黑会议以前的捷克斯洛伐克边界”，这自然使捷克人认为喀尔巴阡—卢西尼亚将归还给他们的国家。最后在１０月２６日，美国政府正式承认了捷克斯洛伐克政府。
１９４３年２月初德军在史达林格勒的失败，对东欧地区来说，无论如何标誌着战争的转折点。早在１９４２年１１月，已有大约七万名捷克青年被动员去德国劳动，接着在１９４３年２月２日，十六岁到六十五岁的所有男子和十七岁到四十五岁的所有妇女，以及十六岁以下的某几类学龄儿童都被征召到德国去从事战时工作。在轴心国统治下的欧洲各地，甚至总动员的叫喊似乎也并未严重地影响到保护国的日耳曼人，而捷克人却又记起他们过去所担心的从波希米亚和摩拉维亚完全被赶走的那种情况。随着粮食供应的减少（无论如何，对捷克人来说是减少了），布拉格和捷克其他城市的生活变得空前未有地凄凉。１９４２年２月１６日，在实行了德国通行的那些反对犹太人的措施以后，海德里希宣布把保护国的全体犹太入关进了犹太人区。特雷津（特雷津市）那个古堡市镇变成了一个犹太营，捷克犹太人全被送往那里去，让他们在痛苦的但还不是使人毛骨惊然的环境中等待进一步送往奥斯威辛的那些毒气室去。同时，越来越多的人，有捷克人也有犹太人，为了逃避放逐和死亡，过着非法的、没有配给证的隐匿生活。
１９４３年８月，据宣布弗里克将接替牛赖特出任德国保护长官，他原来担任的德国内政部长职位已经由希姆莱免去了。弗里克于１０月１４日开始视事。当时这个官职已被公认只不过是一个挂名差使，卡尔?赫尔曼?弗朗克的权力终于得到了正式承认。８月２０日，他被任命为一个德国部长，併兼任主管那个取代前德国保护长官 ５９５ 公署的波希米亚—摩拉维亚事务部的国务部长。
１９４３年间，贝奈斯在他从伦敦广播的讲话中采取了攻势。每一次他宣称（稍微早了一些）布拉格当局即将垮台以后，布拉格当局总作出强烈的反应。就可能作出的判断来说，贝奈斯在国内的名望这时候不但已经恢復，而且他已成为全国杰出的象征性首脑了。（扬?马萨里克在战前始终不大出名，这时多亏了他的才气焕发的广播讲话，开始占有第二位，而莫斯科的捷克共产党人则无足轻重——只有南斯拉夫的狄托在年轻的捷克人中是备受爱戴的英雄。）另一方面，贝奈斯的重要性在这一年中也有所增长。因为史达林格勒战役的结果意味着德国将被打垮，还意味