国民党初设中央政治会议，北伐后相继于广州、武汉、开封、太原、北平置分会，由当地军事领袖主持，指导监督各自辖区的政治，李济深、李宗仁、冯玉祥、阎锡山不仅握有地方军权，而且名正言顺的握有地方政权。一九二七年底，有人倡议"分治合作"。所谓"分治"，是为迁就割据军人，"合作"为对中央而言，实际上是与中央对立。自非蒋所乐许。何况这时的南京政府已非往日的北京政府可比，有其较任何地方军人强大的兵力与丰厚的财力。
军权、政权多元，国民党本身復四分五裂，西山会议派外，号称正统的第二届中央执行委员会又有汪兆铭、胡汉民、蒋中正派之别。北伐完成，准备实行训政，由国民党训练人民，代表人民，行施政权。一九二八年八月，召开第二届中央执行委员第五次全体会议，议决厉行以党治政，以党治军，限期撤销各地政治分会，不得再以分会名义对外发表命令，及任免该特定地区内官员。国民政府设有行政、立法、司法、考试，监察五院，统一军政、军令、军事教育及财政。十月颁布训政纲领，成立新国民政府，蒋任主席，谭延闿、胡汉民、王宠惠、戴传贤、蔡元培分任五院院长，冯玉祥任行政院副院长兼军事部长，阎锡山任内政部长，李宗仁任军事参议院长，李济深任参谋部长，国民党右派及军事巨头各予位置，惟汪兆铭的左派落空。
图十四：北伐后军人统辖区（-九二八至一九二九）
训政以领导人民致力于政治、经济建设相标榜，要实施此项计划，须先做到真正的统一，欲做到真正统一，须先裁兵。蒋强调编遣为革命的生死关头，希望各军事领袖牺牲自己的权利、个人的地位，使编遣成功，军队有一定的编制，军饷有一定的数目，一定的支出机关。能如是，经济方可稳定，政治方可上轨。各军事领袖认为蒋借统一及编遣以行削藩集权。①一九二九年一月，编遣会议在南京举行，划全国分置七个编遣区，第一、二、三、四集团军各为一区，东北为一区，川、黔、滇为一区，另设一中央区，以处理杂军，每一编遣区编留二十万人。看来似尚公允，但中央编遣区实亦属于蒋，加上宪兵二十万人，蒋的全部兵额等于冯、阎、李的总和。依此规定，冯部最少裁减半数，阎部有增无减。冯主先裁将，再裁兵，裁无功，留有功，中央新收各军尤应先裁，②李宗仁、李济深一同附和。阎锡山时恐冯不利于己，从中挑拨。会议勉强结束，冯即遄返河南，于是又有冯将与蒋决裂之说。
编遣会议加深了军人的相互疑忌，国民党第三次全国代表大会促成了党人的相互敌视。汪兆铭因见摈于一九二八年十月的新国民政府，③十一月，汪派在上海成立"国民党党务改组同志会"，以恢復一九二四年国民党改组的精神为旗帜，人称为"改组派"。一九二九年三月，国民党第三次全国代表大会在南京举行，代表多为指派，改组派严词攻诋，汪派的陈公博、顾孟余等被开除党籍，汪亦受到警告，改组派与南京完全破裂。蒋为南京的领袖，第三次全国代表大会后，蒋的亲信陈果夫、陈立夫兄弟，一任中央执行委员会常务委员，一任中央党部秘书长，握党的实权，人称CC系，最为改组派所痛恶。④
----------
①有人说此议出于杨永泰，其实削藩为中国历代开国者常行之策。又说杨的计划为以经济方法解决第二集团军，以政治方法解决第三集团军，以军事方法解决第四集团军，以外交方法对付东北，尚有几分近似处。杨为旧国会议员，属政学会，曾在广东反对孙中山，北伐后期．夤缘入蒋幕，日后深得依畀，权倾一时。
②冯一面解散非己系的豫、陕军，一面收编民团。据说冯又要求自任国民政府副主席，委派南京卫戌司令，保荐若干部长。
③一九二八年八月，国民党中央委员举行会议时，蒋中正主张准许汪派委员出席，亲赴上海邀约，桂系及中央监察委员吴敬恆等坚持不可。 ④陈果夫、陈立夫为陈其美之侄。陈果夫初习军事，后在上海经商。陈立夫习矿冶，曾留学美国匹茨堡大学。一九二五年，陈果夫始参与党务工作，陈立夫担任蒋的机要秘书。CC系据说为中央俱乐部（Central Club）或二陈姓氏的缩写，日后正式组织"青白同盟"。
二、讨伐桂系
桂系的势力分布南北要衝，广州为李济深，加上广西黄绍竑，武汉为李宗仁，辅以胡宗铎、陶钧，白崇禧屯兵天津、唐山一带。蒋中正与桂系久有意见，彼此有难两立之势，胡、陶尤为骄悍。②一九二八年秋，李宗仁大事扩军，白崇禧统率的部分军队亦调回武汉，并有联结奉军总参议杨宇霆之说。③蒋亦作部署，准备派兵西上。编遣会议召开之时，白託病不至，八次呈请辞职。
湖南位于武汉、广州之间，省政府主席鲁涤平为谭延闿旧属。桂系欲将两广、湖北联为一片，暗结湖南师长何键，谋去鲁涤平。一九二九年二月二十一日，胡宗铎假武汉政治分会的名义，将鲁免职，派兵占领长沙。李宗仁时在南京，当天秘密走上海，命武汉备战。④蒋知非和平可了，令中央军出动，号为"讨逆军"，⑤吴敬恆等约同自广州北来的李济深调解。胡宗铎等责中央军西进，声言将"迎头痛击"。三月二十日，蒋发表演说，斥其"擅自调兵，违背编遣会