侍郎陈于廷等很信任他。当时，侯恂的弟弟侯恪也在朝廷做官，与同朝的缪昌期、姚希孟关係很好。侯恂在“红丸”、“移宫”两案中，又与魏忠贤奸党针锋相对。因此，魏党把侯氏父子视为眼中钉。说侯氏父子十分倔强，不能再让他们做一天官了。不久，他们相继被罢官。崇祯年间，魏忠贤被诛，侯恂亦被重新启用，后又被擢升为兵部侍郎。有一年侯恂和尤世威巡边时，在黄花镇遇火灾。火箭火炮，全部爆炸了。