再粑固体琼胶连同培养基一起放入无菌室，在琼胶上涂培养菌。
无菌室是个装着玻璃的房间，约三十铺席大小。只有通过前二道“关卡”的队员才允许进无菌室。在琼胶上植菌时要用一种“棉棒”迅速不停把活菌疫苗涂在琼胶的一个端面。所谓“棉棒”是一根硬铝棒，长五十厘米，铅笔般粗细，棒头上裹着棉花，棉花里渗有足够的活菌疫苗。涂菌作业必须均匀，一次成功。操作者的技术要相当娴熟才行。
操作时，班员全身都采取了防护措施，辨别不出穿在护卫服的人是谁。为了防止菌从口入，作业时一言不发，彼此用手势表达意思。
植菌后的培养基运回培养室。培养室屋顶是块整铜板，若大的房间，只吊着两盏电灯，显得阴森暗晦。培养室内的温度可以按照不同菌种的需要在二十度至八十度之间调节。培养室里有一天之中就可繁殖的菌种，也有要花上一周才能形成的群落（繁殖时不能用肉眼分辨的聚块）。
菌种得到琼胶的培养，在培养基的表面不断繁殖，形成粘稠的乳白色群落。将其中成熟的取出，这次用刮棒——白金制，长五十厘米，头上有刮勺。——将培养基上浮起的群落刮落到器皿里，积在器皿底的群落呈甜酒状。这种粘糊糊的粘块散发出独特的气味。