奴役，并且以宗主对于包荫户的统治作为地方基层政权，以世家大族为宗主，督护百姓，于是形成宗主督护制。宗主在政治上都是一些大大小小的割据势力，宗主控制下的包荫户多数没有户籍，他们只是宗主的私家人口，任凭宗主剥削和奴役，国家不得征调亦不能干预。这种制度只对大地主有好处，对广大农民只有痛苦，没有好处;对封建国家来说，则只是为巩固初建立的政权而采取的权宜之计，对赋税的征收和徭役的调发都极为不利。
魏孝文帝为加强中央政府对人民的实际控制，采纳给事中李冲的建议，于太和十年(公元486年)建立三长制，以取代宗主督护制。三长制规定：五家为邻，设一邻长;五邻为里，设一里长;五里为党，设一党长。三长制与均田制相辅而行，三长的职责是检查户口、征收租调、征发兵役与徭役。
实行三长制，三长直属州郡，原荫附于豪强的荫户也将成为国家的编户，因而必将与豪强、地主争夺户口和劳动力。李冲提出实行三长制的建议后，在朝廷中引起激烈争论。坚持宗主利益的中书令郑羲和秘书令高佑是反对派代表。他们对主持辩论的冯太后说，三长制看起来很好，实际上行不通。朝臣中支持郑羲、高佑意见的大有人在。李冲和太尉元丕据理力争，指出实行此制对公、私都有利。最后，冯太后从加强中央集权出发，认为实行三长制既可使征收租调有根据和准则，又可清查出大量的隐匿户口，三长制终于在冯太后的支持下实施。
三长制的建立，打破了豪强荫庇户口的合法性。在实行的过程中，三长还是从大族豪强中产生，他们不仅本人可以享受免于征戍的特权，而且亲属中也有一至三人可以得到同样待遇。但较之宗主督护制，它毕竟是一种历史的进步。实行后，国家直接控制的自耕农民大量增加，国家赋税收入相应增加，农民赋税负担也有所减轻。北魏后期，社会经济明显恢復和发展，当与此有密切关係。北魏的三长制后来成为北齐、隋、唐时期乡里组织的基础。