实是，对假冒伪劣的整治，在有些时间，也会成为各级政府保护国营企业既得利益的某种手段和理由。
辽宁省丹东市是我国射线仪器的工业基地，当地的仪表元件厂、丹东射线仪器厂是国家重点企业，它们分别在20世纪60年代初生产出中国的第一只X光管、第一台X射线探伤机。从80年代中期开始，一些人离开国营工厂，就在附近开办起了十多家生产同样设备的私人企业。据报道，这些私人小厂“没有经过行业主管部门审查批准或立项，没有完备的质量检测手段，没有完善的防射线污染设施，没有完整的技术文件、产品图纸、工艺要求”。就在这种赤手空拳的情况下，它们开始与大厂抢食：小厂到大厂挖人才，工人兼职每月300元，技术员800元，调试一台设备外加500元；大厂里的设备、零部件老是失踪，然后在小厂里出现；大厂研制出新的产品，过不了多久，图纸就出现在小厂厂长的办公桌上了；大厂用美元与外商结算，小厂们则可用人民币，而且价格还便宜很多；小厂到处挖大厂的客户，拉交情，给回扣，弄得客源日日流失；最后连大厂的营销员也被小厂拉拢去了，小厂给出更高的提成，甚至“卖出十台，可以给一套房子”。《经济日报》对此评论说，对许多国家骨干企业的厂长来说，本身既受到种种体制上的束缚，动弹不得，外部又受到那些精灵般的、不按牌理出牌的私人工厂的骚扰，唯一能做的就只有苦笑了。在此次治理整顿中，这些小厂受到了严厉的整治，其理由是“盲目发展、重复布点、重复建设，严重影响国家行业规划”。此类整顿在几乎所有私人工厂日渐活跃的行业内都在发生。
这种专门指向体制外企业的针对性整顿，在客观上，让一些行业秩序得到了恢复，也的确打击了日渐蔓延的假冒伪劣之风，但不可否认的是，同时造成了民营公司很大的困扰。1月5日的英国《金融时报》在观察这一现象时说，“在北京重新调整中央计划和加强政府控制的时期，私营企业正在受到严格的控制，虽然它们得到允许可以与较大的国营企业并存，但是，国营企业被放在优先位置上，绝不允许被取消。”新华社主办的《中国记者》杂志在1990年5月发表《光彩的新概念》一文也认为：“近来报纸和刊物上，有关个体户的报道少了。原因呢？不少编辑感到‘拿不准’。至于社会上，则更有甚者。在有些人眼中，个体经济已成了背时之物，最好是‘从重从快’惩罚打击。有的人误以为‘中央已经收了，取缔是早晚的事’。新闻界在一段时间内的沉默，无形中增加了这种不安的情绪。前几个月全国个体户锐减360万人，不能说和这种氛围没有关系。”
在那个时期，乡镇企业被戏称为“气候经济”，也就是随着政策的松与紧而波动性成长。与此相关的另一个事实是，民间公司的崛起实在已经成为了一个很难被忽视的现状。在广东以及江浙一带，乡镇企业已经在很多行业（尤其是电器零配件行业）获得了领先的市场地位。萧山鲁冠球的万向节厂生产的万向节占到全国50%的市场份额，张家港电子计算机厂生产的计算机存储器、常熟电视机元件厂生产的偏转圈、上海联合灯泡厂生产的铁路信号灯等，都成为全国行业冠军。这些企业将从一个专业性很强的行业出发，逐渐成长为一家现代大公司。也是从这一年起，国家统计局在统计全国工业增长的时候，把乡镇所办的工业企业包括了进去，采用了“乡及乡以上工业总产值”的概念，统计专家承认，乡镇工业约占全国工业的1/3，而在此之前，这些企业在国家统计数据中是“不存在”的。很多欧美的经济学家在研究中国公司时，都会被90年代初的那些戏剧性的数据所迷惑，其实那些年前后的乡镇企业数量及产值的“猛增”，是统计所造成的。1990年，全国工业增长为6%，乡镇企业的列入至少提高了三个百分点。
在10月份的一次座谈会上，农业部副部长陈耀邦承认，“行业不正之风使乡镇企业受到损失。如一些部门借治理整顿之机，向企业乱收费、乱摊派、乱罚款。有的部门借行业管理、发放生产许可证、产品评优或供应平价物资等为由，划走、平调乡镇企业或改变乡镇企业的隶属关系。”
陈耀邦的这段讲话，还只是陈述了事实的一部分。在过去的很长时间里，一直存在着一个现象：一些私营业主为了自我保护及得到政策上的支持，便将自己的企业“挂靠”在乡镇集体上，每年缴纳一定的管理费用，其余的资产处置则一切自主。它们被称为是“挂户经营企业”、“红帽子企业”或“假集体企业”。其挂靠原因主要有三：政治原因——避免受到政治歧视和间歇性的整顿打击；经济原因——可以享受集体企业的一些优惠政策，合法获得原材料等；运营原因——在初期，私营企业不受消费者和经济交往单位的信任。在相当长的时期里，这一部分企业的存在给统计和调查部门造成了困惑，以致人们无法准确地计算出私营企业的真实状况。
1989年之后，随着宏观形势的紧张和政府对私营企业的严厉整治，这股“挂靠风”突然升温。像山东的王廷江和江苏的蒋锡培那样，把自己的企业捐给集体的案例毕竟不是普遍现象，更多的私营企业主选择了折中的“红帽子”方式，数以十万计