山本指挥主力编队，另外又以南云中一领衔机动编队。
在以近藤新竹组成了登陆编队。
细萱戌子郎的北方编队，小松灰久的先前侦察编队。
另外还有还有冢原二四三指挥的以南洋诸岛为基地的214架岸基飞机，其中战斗机108架、鱼雷机72架、轰炸机10架、水上飞机24架，担负空中侦察和掩护。
总共动用舰艇包括运输舰、辅助舰在内共200余艘，其中航空母舰8艘（舰载机400多架）、战列舰11艘、巡洋舰23艘、驱逐舰56艘、潜艇24艘，由联合舰队司令长官山本海军大将统一指挥。
5月26－29日，各编队先后由本土启航，预定于6月4日对中途岛发起进攻。