姚兴又派席确去凉州征召吕隆的弟弟吕超入朝侍君。
吕隆惧怕秃发傉檀，也上表请求到京城供职。
姚兴派遣齐难及镇西将军姚诘、镇远将军乞伏乾归、镇远将军赵曜等人领四万人马，在河西迎接吕隆。
齐难到了姑臧后，姚兴任命他的司马王尚为凉州刺史，拨给他三千人马，让他镇守姑臧。
姚兴任命将军阎松为仓松太守，郭将为番禾太守，让他们分别守卫二城，将吕隆及其宗室僚属迁到长安。
沮渠蒙逊派他的弟弟沮渠如子向朝廷供献土产。
王尚在凉州安抚百姓，用信义教导他们，百姓感念他的教化，都纷纷归顺他。北方的鲜卑人也派使者前来向姚兴朝贡。
桓玄派使臣出使后秦，请求放辛恭靖、何澹之回去。
姚兴扣押了辛恭靖，遣返了何澹之，并对何澹之说：“桓玄没有时运，却想着谋反篡位，上天并未忘记晋朝，必定有正义的举动，以我看来，桓玄终将败亡。你现在回去，定会看到桓玄败亡，我们用不了多久就会再次见面。”
之后姚兴派他的部将姚硕德、姚敛成、姚寿都等人率领三万人马攻打杨盛。姚寿都等人从宕昌进攻，姚敛成从下辩进兵。
杨盛派他的弟弟杨寿领兵抵御姚敛成，命令他的侄儿杨斌带兵抵御姚寿都。姚寿都迎战杨斌并擒获了他，俘虏了他的全部士兵。
杨寿等人十分害怕，带领部下请降。姚硕德班师回朝。
桓玄是桓温的庶子，桓温在北伐前秦失败以后不久就去世了，遗命其弟桓冲统率其军队，并接任扬州刺史，桓玄的服丧期满，桓冲亦离任扬州刺史，二十三岁的桓玄才被任命为太子洗马。
桓玄住在南郡的治所，也就是荆州的治所江陵，最初荆州刺史王忱处处跟桓玄作对，对他加以压制，不久王忱病死任上，晋孝武帝打算以王恭接任，桓玄虽然对王忱不满，但也惧怕王恭，遂派人入京贿赂孝武帝所宠信的尼姑支妙音，让孝武帝任命被视为“弱才”的黄门侍郎殷仲堪当荆州刺史，果然晋孝武帝听从妙音尼的意见，以殷仲堪出刺荆州。
殷仲堪对桓玄十分敬惮，而桓玄凭借父叔长年治理荆州的威望而专横荆州，士民畏惧他更过于殷仲堪。殷仲堪因而与其深交，而桓玄打算借助其军力，亦取悦他。
五年以后，东晋尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，因畏惧青兖二州刺史王恭，图谋削弱各方镇，桓玄知道王恭面对王国宝乱政有忧国之言，故此劝说殷仲堪起兵讨伐王国宝，并派人联络王恭，推王恭为盟主。
当时，殷仲堪担忧没有皇帝的支持，自己被众人认为能力未达一州方伯的情况会被王国宝等人利用，终令他被调离荆州。
桓玄亦利用这个担忧劝说殷仲堪，但殷仲堪始终迟疑。
不过，当时王恭原来已决定主动起兵，并联结殷仲堪，殷仲堪此时得报，于是答应了响应王恭。不久朝廷畏惧，故杀王国宝、王绪以息事宁人，王恭亦罢兵。
王恭举兵以后，司马道子忧虑王恭和殷仲堪的威胁，于是引司马尚之和司马休之为心腹。
东晋隆安二年，代国皇帝拓跋珪正式裁定国号为大魏，迁都平城，而因为桓玄请求朝廷让他任广州刺史，而司马道子亦忌惮他，不想他继续盘踞荆州，于是下诏以他督交广二州军事、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。
桓玄受命后却不赴任。同时司马道子听从司马尚之多树外藩，不料却因削夺了豫州刺史庾楷都督地区而令其劝王恭再度举兵，王恭遂于当年联结桓玄、殷仲堪等举兵讨伐司马尚之兄弟，桓、殷亦奉其为盟主。
殷仲堪认为王恭这次肯定成功，于是积极参战，更分五千兵给桓玄，紧随担任前锋的南郡相杨佺期顺江南下。
杨、桓二人到湓口时，亦为讨伐对象的江州刺史王愉逃奔临川，但被桓玄派兵追获。及后虽然庾楷大败给司马尚之，前来投奔桓玄，但桓玄也于白石大败朝廷军队。
及后虽然王恭因刘牢之倒戈而败死，但桓玄和杨佺期进至石头，迫使司马元显回防京师，并命丹阳尹王恺守石头城。
不过，因为刚刚背叛王恭的刘牢之率北府军入援京师，桓玄和杨佺期因畏惧而撤回蔡洲，继续与朝廷军对峙。
当时司马道子打算利诱桓玄和杨佺期，令二人倒戈攻击殷仲堪，于是以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而殷仲堪就被贬广州刺史。
此举令殷仲堪大怒，命桓玄和杨佺期率兵进攻建康。
不过桓玄却对这一任命十分高兴，打算接受，又犹豫不决。当时殷仲堪从弟弟殷遹口中又听闻杨佺期也决定受命，于是开始撤军。
随着殷仲堪撤退，杨佺期部将刘系亦先行撤退，桓玄等大惧，又狼狈西退，直至寻阳（今九~江~市）追上殷仲堪。
殷仲堪既失荆州刺史，倚仗桓玄为援；而桓玄本身亦要借助殷仲堪的兵力，故此据势相结，殷仲堪与杨佺期因着其家世声望，共推桓玄为盟主，皆不受朝命。
朝廷见此大为恐惧，唯有下诏安抚，并让殷仲堪复任荆州刺史，请求和解。众人于是受命返回驻地。
早在桓玄在江陵横行时，殷仲堪亲党就已劝殷仲堪杀死桓玄，但没得听从。
桓玄自被推为盟主后，就更加矜侉倨傲，而杨佺期就被桓玄以寒门相待，但出身弘农杨氏的杨佺期却自以其族是华夏贵胄，一直都认为江东其他士族根本比不上他家，于是对桓玄十分不满，更打算袭杀桓玄，可是