顺势尽取徐、宿、濠、泗四州之地，关东诸藩闻时溥败亡，无不震恐战栗，纷纷遣使至汴州修好纳贡，再不敢与朱温为敌。
徐州平定之后，朱温马不停蹄，挥师北上，以朱瑄招纳汴州叛卒为名，大举讨伐兖、郓二州。连年攻战之下，兖郓二州城邑残破，百姓流离失所，田园荒芜，守军节节败退。乾宁四年，汴军攻破郓州城，朱瑄仓皇出逃，没走多远便被追兵擒获，押至汴州闹市当众处斩；朱瑾势穷力竭，无法在山东立足，只得率残部南渡淮河，投奔淮南节度使杨行密，天平、泰宁两镇亦尽归朱温所有。
至此，河南、山东、徐泗千里之地尽入朱温之手，疆域辽阔，兵甲强盛。他又命张全义镇守洛阳，招抚流民、劝课农桑、修复城郭、通商惠工，数年之间，洛阳便恢复生气，粮草财赋源源不断运往汴州，朱温实力愈发雄厚，野心也随之急剧膨胀，目光不再局限于中原，而是越过崤函天险，死死盯住了关中长安的大唐天子，一心想要将皇帝握于掌中，号令天下。
此时的长安城内，唐昭宗虽有中兴之志，却手中无兵无权，朝中宦官把持禁军，权倾朝野，宰相与宦官相争不止，势同水火，史称南衙北司之争。宰相崔胤一心想要诛除宦官集团，重振朝纲，却苦于手中无兵，遂暗中结交朱温，引为外援，欲借强藩之力清君侧；宦官韩全诲、张彦弘等得知消息后大惊失色，唯恐身死族灭，当即发动宫禁兵变，劫持昭宗与后宫诸王，西出长安，投奔凤翔节度使李茂贞，欲凭凤翔军自保。昭宗车驾离京之日，百官惊散，长安大乱，哭声震于街巷，一片凄凉景象。
朱温在汴州闻讯，拍案而起，大喜过望：“此天授我以入关之机也！”当即打着奉诏迎驾、诛除宦官的正义旗号，亲统七万大军挥师西进，一路势如破竹，无人敢挡，直抵凤翔城下，将李茂贞团团围困，水泄不通。
这一围，便是一年有余。凤翔城中粮尽，草木皆食，冻饿而死者横尸街巷，乃至人相食，惨不忍睹。李茂贞连战连败，外援断绝，自知不敌，无奈之下斩杀韩全诲、张彦弘等宦官二十余人，将首级送与朱温示好，恭送昭宗车驾还京，只求自保。
昭宗一行自凤翔归长安，入宫未及坐稳，朱温便披甲仗剑，率亲军入殿拜见。他虽行叩首之礼，言辞却暗藏刀锋，字字逼人：“臣朱温，千里赴难，为陛下清君侧、诛阉宦，今日逆竖已除，京畿空虚，四方藩镇皆怀异心。臣愿留兵宿卫宫禁，替陛下镇守长安，保陛下万世无虞。”
昭宗双手微颤，心中惊惧万分，却不敢有半分违逆，强作镇定，温言抚慰：“卿有再造社稷之功，朕心甚慰，当厚加封赏。”
当日，昭宗便下诏，赐朱温回天再造竭忠守正功臣，加授太尉、诸道兵马副元帅，进封梁王；又以幼子辉王李祚为天下兵马元帅，虚有其名，实权尽在朱温之手。朱温趁机安插亲信，以朱友伦为左军宿卫都指挥使，张廷范为宫苑使，王殷为皇城使，蒋玄晖充街使，汴州将吏遍布宫禁与京畿要地，自此天子一言一行，皆在其掌控之中，唐室已是名存实亡。
宰相崔胤起初引朱温为援，本想借其力诛除宦官，而后再慢慢削其兵权，重振皇权，眼见朱温把持朝政，架空天子，心中大悔，日夜不安。一日，崔胤屏退左右，密奏昭宗：“梁王势倾天下，朝野侧目，恐将蹈汉末曹操故智，行篡夺之事。陛下宜速募六军十二卫，自建禁军，自掌兵权，方可防不测之变。”
昭宗深以为然，当即密令崔胤在京师募兵，打造兵器，扩充宿卫，意图摆脱朱温控制。
消息很快传入汴州，朱温勃然大怒，即刻派人将崔胤召至大梁，当面厉声斥问：“我与公同心诛宦，共安朝廷，公今背信弃义，私募兵卒，意欲图我，是何居心！”
崔胤吓得汗流浃背，双膝发软，勉强强辩：“梁王误会，募兵只为防备李茂贞卷土重来，绝非针对梁王，臣不敢有二心。”
朱温冷笑一声，目光如刀，寒意彻骨：“公之诡计，天下人尽知，岂能瞒我！从今往后，安分守己则已，若再妄动，休怪我刀下无情！”
崔胤惶恐告退，回到长安依旧不敢停手，仍暗地募兵不止，朱温杀机已动，只待一个合适借口。
天复三年，宿卫都指挥使朱友伦在长安球场击球，不慎坠马而死。朱温闻讯，一口咬定是崔胤暗中谋害，当即以此为辞，遣兄子朱友谅率精兵突入长安，包围崔胤府邸，不问青红皂白，尽杀崔胤及其党羽郑元规、陈班等数十人，血流满街，尸横相藉，惨不忍睹。
昭宗在宫中闻变，登延喜楼遥望，见崔府火光冲天，杀声不绝，不由泣下沾襟，对身边侍臣长叹：“崔胤一死，朕再无外援，大唐社稷，危在旦夕矣！”
诛除崔胤之后，朱温再无顾忌，决意彻底掌控天子，遂定下迁都洛阳之计——将昭宗带离关中，远离李茂贞、李克用等藩镇势力，置于自己眼皮底下，任意摆布。
天祐元年正月，朱温遣心腹牙将寇彦卿奉表入长安，逼迫昭宗即刻东迁。昭宗明知此去便是囚笼，却无力反抗，只得率百官、后宫，含泪离京。汴军士卒奉命拆毁长安宫室、百官衙署乃至百姓民居，取下木材，浮渭水而下运往洛阳，昔日繁华帝都，一朝化为丘墟瓦砾，满目疮痍。长安百姓扶老携幼，被迫东行，一路号哭不绝，人人痛骂：“贼臣朱温，倾覆社稷，使我等流离至此，天必诛之！”