；正德年间、万历年间亦有大臣提出过南迁之议。
正德年间自不必多说，自嘉靖朝以来，黄河改道，北方饱受水患之苦，运河拥堵，每年耗费大量钱财；且京畿常遇地震，更兼边患不止，先有鞑靼，后有建奴，都打到了北京城下。彼时人心惶惶，大明江山更有倾覆之虞。
北京之疾，不消多言，相信各位也都知之甚详。然而之所以令我举棋不定，是因为南京皇城年久失修：三大殿或遭雷击，或因走水，都已焚毁；其余诸殿，梁木朽坏，瓦松成林。若要修缮，则耗费钱粮无算，以当今朝廷财税，恐怕难以支撑……”