区为哈拉直沟区；第六区为红崖子沟区；第七区为丹麻区；第八区为威远堡区；第九区为塘巴区；第十区为贺尔川区；第十一区为李二家堡区；第十二区为北山藏族自治区。
互助土族自治县辖8个镇、9个乡、2个民族乡：威远镇、丹麻镇、高寨镇、南门峡镇、加定镇、五十镇、五峰镇、塘川镇、红崖子沟乡、哈拉直沟乡、松多藏族乡、东山乡、东和乡、东沟乡、林川乡、台子乡、西山乡、蔡家堡乡、巴扎藏族乡。