阿罗拉地区，由气候温暖的岛屿所组成，以大自然资源丰富的4座岛屿和1座人工岛屿为中心。
作为度假地广为人知，全世界有很多游客到访。
此地区由美乐美乐岛、阿卡拉岛、乌拉乌拉岛、波尼岛、以太乐园、椰岛树岛屿组成，每个岛屿都有属于各自地区的口袋妖怪守护者。
……
烈日炎炎的夏天，通过吸盘魔偶抽到的阿罗拉度假卷，小智一家人来到了美乐美乐岛度假，此时小智正在海面上骑行着巨牙鲨进行与大海的亲密接触。
“小智，我们该出发了。”
“知道了，妈”
他们的目的就是把大木博士拜托他们送到在阿罗拉地区堂弟那里的一枚口袋妖怪蛋。
而大木博士的堂弟在美乐美乐岛的口袋妖怪学校。
口袋妖怪学校，位于美乐美乐岛，是由大木博士的堂弟开创。
……
“小智，我们到了，我先把这枚蛋送到大木校长那里，你在这里好好玩吧”
“知道了，妈”小智说到。
在小智站立的地方，3只肯泰罗奔跑过来。
“啊”一声惨叫小智已经倒在了地上。
“你没事吧”
“没事，我已经习惯了肯泰罗了，以前没少被撞过”小智站起来拍掉身上的土。
“我叫小智，从关都地区的真新镇来的，还有我的伙伴皮卡丘，你们是这所学校的学生吧”小智道。
“嗯，对不起啊，我是玛奥，肯泰罗太快，没有注意到你”玛奥说道。
“没关系啦”小智说道。
“对了，给你介绍一下，这是水莲，莉莉艾”玛奥指着在她旁边的两个女生说道，“还有他是马玛内”
“大家好啊”
……
“你挡住了我们的去路不知道吗”从校门口传来一个人的声音。
“他们是谁啊”小智问道。
“他们是一群故意挑起事端，强迫人和他们对战的骷髅队”莉莉艾回答道。
“原来是一群坏蛋，我要去阻止他们”还没说完小智已经跑了过去。
“喂，你们三个打一个太不公平了吧”小智道。
“哦，我们就喜欢以多欺少，你能怎么样，出来吧，夜盗火蜥，猫鼬少，超音蝠”骷髅队老大说道。
“我也要加入战斗，上吧，皮卡丘”
“不用你帮忙”男子说道。
“这怎么可以，我不能看他们以多欺少，那个，你是……”
“我叫卡奇，既然如此，出来吧，爆炎龟兽”卡奇道。
皮卡丘，电光一闪。
爆炎龟兽，要上了，使出我们的z招式，像阿卡拉山一样燃烧，超强极限爆炎弹。
一个巨大的火球从爆炎龟兽喷发出来，一个大坑瞬间出现在地面上。
“快跑啊”骷髅队的人收起口袋妖怪，拼了命的逃跑了。
“刚才那个是”小智一脸羡慕的看向卡奇问道。
“哦，这是”
轰轰轰
卡奇刚要说道，便听到从山上传来里一声巨响，山顶从山上面缓缓的滑落。
“发生了什么，快去通知库库伊博士和校长，我们也快去看看吧”卡奇急忙说道。
……
“喂，我说有必要吗，出这么大的杀招”
“对付你，我觉得还不够”一道女声从她口中传来。
“额……”
“你们在干什么，怎么造成这么大的动静”赶来的卡奇等人，望过来。
“遭了，哼，今天算你走运，如果不是因为规则，哼，我们走”
“还好她们走了，不然……”
“你是谁，刚才的那个人又是谁，你们在这里干什么”小智问道。
“哦，我，我是天旻”