康纳已经超过了他的任期，在“密西西比”号即将到达之前，他给妻子写信说，他将立刻申请替换，但他对不能看到进攻结束感到失望。然而，佩里的确给战斗带来了许多活力，并且受到了欢迎。一位下级军官在以后的岁月里回忆说：“欢呼声接二连三，在这位精力旺盛的继任者的统率下……美国海军维护了它往日的声誉。”
几天后．上岸的陆军人数增至13000人。发射大型炮弹的火炮从军舰上卸下，转运上岸(这是一项细緻和冒险的行动)，重新安装到一个联合炮台里。3月24日，它们开始射击。第二天下午5时，在韦拉克鲁斯的上空飘扬着一面停战旗。两天后，这个城市投降。3月29日下午1时，亦即佩里到达后仅10天，他给海军部长写了一份报告，他说：“这份报告是从城堡内写的。城内的火炮现在正向已经在城内要塞升起的美国国旗致敬。”
可能除康纳以外，对所有有关的美国人来说，这都是一个令人振奋的时刻。他们只有14人死亡，59人受伤。墨西哥军队伤亡人数几乎同美军一样。不幸的是，平民伤亡较大，大约有100人丧生。而且，韦拉克鲁斯是墨西哥的第二大城市，它的失守为6个月后墨西哥城本身的失守打开了通路。斯科特将军愉快地向“整个本土支队”表达了他的感激之情，“感谢他们在海军司令康纳和佩里的相继指挥下，从陆军抵达外海以来所给予的迅速的、令人高兴的和漂亮的援助”。
占领韦拉克鲁斯并非墨西哥湾战争的结束，但它是那里发生的唯一一次最重要的战斗。因为，在没有联合司令部和缺乏任何紧密协调的情况下，这是一个任何国家都会引以为豪的陆海军合作的样板。它之所以值得注意，是因为在加利福尼亚的各部队之间还缺乏合作。
同康纳一样，太平洋支队的司令约翰·D·斯洛特也是一个有病的人。他还是一个极为谨慎的人。儘管他从1845年6月已经接到命令，让他在知道战争已经开始后便立即攻占旧金山并封锁其他港口，但他却不能忘记汤姆斯·阿比·凯茨比·琼斯的轻率行为。华盛顿同加利福尼亚之间的通讯联络自然比华盛顿同墨西哥湾之间的通讯联络更为困难，因此，直到1846年6月8日，即他首次得知格兰德河发生衝突的3周以后，斯洛特才决定他应该采取一些行动，然而又过了一个多月他才就应采取的行动定下决心。7月7日，在没有抵抗的情况下，他占领了命令中已经规定的蒙特雷，并且宣布加利福尼亚併入美国，而后者则超出了命令规定的范围。两天以后，也是在没有抵抗的情况下，他的军舰占领了旧金山。所有这些均比他预料的要容易得多，然而他仍不能确信这些是他本应做的，所以，当7月15日有44门炮的大型快速帆船“国会”号抵达蒙特雷时，斯洛特才鬆了一口气。快速帆船送来了罗伯特·F·斯托克顿，斯洛特决心立即将指挥权交给他。
他分两个阶段来完成移交工作。7月23日，他把岸上的作战指挥权移交给斯托克顿；6天后，又交出了全部指挥权。在权力移交过程中，和平占领阶段已结束。墨西哥的加利福尼亚开始有组织地反抗；斯托克顿欣然反击，并在公开讲话中推翻了斯洛特早先的和解做法。8月13日，他占领了洛杉矶，这是一个只有1500名居民的不设防城市。这时，加利福尼亚的墨西哥政府已停止工作。于是，斯托克顿着手建立一个文官政府，定于9月15日进行选举，并准备占领阿卡普尔科，作为进攻墨西哥城的跳板。然而，9月底以前，他的不足50人的洛杉矶守备部队被赶了出来。在以后几周里，在沿海的一些不同地点均发生了战斗。它们部分由斯托克顿指挥，部分由美国陆军测绘队的约翰·C·弗里蒙特中尉指挥。弗里蒙特以探险家而闻名。他被斯托克顿任命为加利福尼亚州的州长。后来，在12月，史蒂芬·W·卡尼准将从新墨西哥的圣菲经过600英里的行军后，从东面进入了加利福尼亚。
这3位军官以各自的方式独立行动时，都是有战斗力的斗士；联合时，则贻人笑柄。如果加利福尼亚还继续进行抵抗，那会出现灾难性事件。卡尼坚持，只有他才有权建立一个文官政府；斯托克顿拒绝接受这种做法，宣布他将请求把卡尼召回；而弗里蒙特(一名陆军中尉)则通知卡尼将军，他只服从海军准将的命令。这场丢人的争吵只是在1847年1月22日布兰福德·舒布里克海军准将到达蒙特雷时才得到解决。他比他们3人资深，他以充足的理由说服了他们，从而结束了这场不合时宜的争吵。儘管如此，加利福尼亚在6个月后终于被征服了。1847年3月间(正当康纳、斯科特和佩里攻击韦拉克鲁斯时)，舒布里克明确划分了陆海军在加利福尼亚及其海湾的责任地域：陆军负责岸上控制，这就把组织政府的责任完全交给了卡尼，而海军则负责制定海关和港口规章制度。处理了这个问题后，舒布里克从1847年7月至1848年5月对加利福尼亚南部和墨西哥西海岸稳步地、有条不紊地实施了封锁。
与此同时，在1847年整个夏季，斯科特将军从韦拉克鲁斯向墨西哥城进军，并于9月17日接受首都的投降。在交战的共和国之间开始谈判前，秋冬两季已经消逝了。在墨西哥湾和太平洋的美国海军舰